En 1624 fue enviado desde el convento agustino de Santa Cruz en Coimbra al monasterio de San Vicente de Fora en Lisboa, donde se requerían sus servicios como tecladista. Un obituario lo describió como un 'más experto maestro en todo el arte de la música'.

La música de São João sobrevive en lo que pueden ser (al menos parcialmente) manuscritos autógrafos, a juzgar por la cantidad de recomposición. Sus obras vocales emplean un lenguaje armónico simple amenizado por un abundante, aunque tosco uso de notas de paso y relaciones falsas. Las texturas homófonas son más comunes, incluso donde aparece imitación (con mayor frecuencia en la Missa "Al rigor") por lo general es breve y estereotipada.

Ambas obras en latín son poli corales, y tal escritura es frecuente también en los villancicos. El más elaborado de estos últimos es "Hola hau pastorcillos" (para la Navidad de 1645), una obra inusualmente prolongada con solos, coros y ritornelos para instrumentos de viento. "Hola hau", "Andar, andar", la Missa "Al rigor" y el  romance "Comamos alma juntos" muestran la afición del compositor por los efectos de eco y por las secciones en compás ternario que implican la síncopa. Las dos piezas que sobreviven para ‘consort’ instrumental revelan una preocupación por el canon; el "Concertado" es un ejercicio de contrapunto en gran medida canónico en torno a un cantus firmus monorrítmico, mientras que la "Fuga" es un simple canon de cuatro-en-uno al unísono.